آیت‌اللَّه سیدمحمدتقی خوانساری فرزند آقا سید اسداللَّه در سال 1267 ش (رمضان سال 1305 ق) در خوانسار و در خانواده‌ای که به علم و فضل و ادب اشتهار داشت پا به عرصه وجود نهاد.
وی پس از تحصیلات ابتدایی، در سن 17 سالگی جهت فراگیری علوم اسلامی رهسپار نجف اشرف گردید و به محضر درس آخوند خراسانی، سیدمحمدکاظم یزدی، میرزای نایینی و آقا ضیاءالدین عراقی راه یافت.
وی در زمان حضور استعمار انگلیس در عراق همگام با میرزا محمدتقی حائری شیرازی و سیدابوالقاسم کاشانی در جنگ با استعمار پیر شرکت نمود و همچون رزمنده‌ای کارآزموده و شجاع جنگید تا اینکه دستگیر و به هند و چین تبعید گردید و چهار سال را در اسارت و تبعید به سر برد.
آیت‌الله خوانساری، پس از بازگشت به وطن، بنا به پیشنهاد شیخ عبدالکریم حائری یزدی، مؤسس حوزه علمیه قم، در شهر قم رحل اقامت افکند.
این عالم ربانی در طول عمر پرافتخار خویش دست به اقداماتی زد که معروفترین آنها اقامه نماز جمعه بود که چندین سال در این شهر مقدس برگزار گردید.
هم‌چنین اقامه نماز استسقاء در سال 1363 قمری به امامت ایشان و با حضور انبوه مردم قم برگزار شد و با بارش باران رحمت، مردم از بلای خشکسالی نجات یافتند.
این حادثه که با حضور تعدادی از مستشاران آمریکائی در قم مصادف بود با حیرت و شگفتی آنها مواجه گردید و در گزارش‌های آنان انعکاس وسیعی یافت.
آیت‌اللَّه خوانساری، پس از ارتحال آیت‌اللَّه شیخ عبدالکریم حائری یزدی، به همراه حضرات آیات، سید صدرالدین صدر و سید محمد حجت کوه کمره‌ای مرجعیت و مدیریت حوزه علمیه قم را به عهده گرفت.
از وی در دوران خفقان پهلوی فتواهای سرنوشت سازی صادر شد که فتوای ضروری بودن حجاب پس از اعلام کشف حجاب توسط رضاخان، فتوای ضرورت کمک به فلسطینیان و جنگ با صهیونیسم و نیز فتوای ملی شدن صنعت نفت از آن جمله‌اند.
این فقیه پرهیزگار در هفتم شهریور 1331 ش برابر با هفتم ذی‌حجه 1371 ق در 64 سالگی در شهر همدان دارفانی را وداع گفت و پس از تشییعی با شکوه در حرم مطهر حضرت معصومه(س) در کنار آیت‌اللَّه حائری یزدی مدفون شد.